Comuna Istria, aflată la aproximativ 55 de kilometri de Constanța, pe drumul spre Tulcea, este cunoscută prin prisma cetății Histria care se află la 8 kilometri de localitate, pe malul lacului Sinoe. Prea puțini sunt însă cei care știu că localitatea mai „ascunde” o comoară istorică și arhitecturală extraordinară – Biserica Îngropată, unică în țară din punct de vedere al arhitecturii și al tehnicilor de construcție folosite și unică în lume prin sistemul ingenios de sonorizare de care dispune.
Monumentul datează de la începutul celei de a doua jumătăți a secolului al XIX-lea, perioadă în care Dobrogea se afla încă sub dominația Imperiului Otoman, acest lucru punându-și puternic amprenta asupra aspectului clădirii. În anul 1857, după îndelungi rugăminți, bulgarii care locuiau în sat au primit acordul autorităților otomane de a construi un lăcaș de cult ortodox. La fel ca în cazul altor edificii de cult creștin construite în acea perioadă în Dobrogea, biserica bulgarilor din Istria trebuia să respecte anumite reguli stricte de constructie impuse de otomani și anume: biserica să nu fie mai înaltă decât geamia din zonă, să nu aibă turle, clopot și clopotniță, iar forma exterioară să nu indice că acolo ar exista un lăcaș de cult creștin. Astfel, s-a luat decizia de a „îngropa” biserica 1 metru, pentru a crea în interior un spațiu mult mai mare, fără însă a încălca specificațiile otomane. Astfel a luat naștere primul lăcaș de cult din România în care trebuie să cobori trepte pentru a intra, în loc să urci. Lucrările de construcție a edificiului s-au încheiat în anul 1860 iar biserica a fost sfințită 4 ani mai tarziu, în timpul pașei Megit de către episcopul grec Dionisie del Calpatos, primind hramul „Sfânta Treime” și „Sfântul Mare Ierarh Nicolae”.
Studiind structura clădirii, s-a constatat ca pereții bisericii au fost ridicați cu piatră adusă din zidurile cetății Histria, pe acea vremea monument arheologic nedescoperit înca de oamenii de știintă (cetatea a fost descoperită în 1914 de către Vasile Parvan). Unic in toata lumea este sistem de amplificare sonora improvizat de cei care au construit biserica ingropata. În lipsa turlelor care să răspăndească și să amplifice sunetul, constructorii bisericii au venit cu ideea inedită de a incastra în pereții clădirii 52 de amfore grecești, descoperite în portul cetății Histria. Efectul acustic rezultat este absolut spectaculos, sunetele fiind propagate la fel de bine ca într-o catedrală. Tavanul bisericii este susținut de șase trunchiuri de stejar ale căror capete se „sprijină” pe capitelurile unor coloane grecești aduse tot din cetatea Histria. Pereții interiori ai bisericii nu au picturi, sunt curați, zugrăviti în alb, iar din loc în loc mici orificii amintesc că acolo sunt „îngropate” amforele. Catapeteasma bisericii are dimensiuni mici, însă este foarte frumoasă, fiind confecționată din lemn de stejar și decorată cu icoane pictate cu multă măiestrie de pictorul Ștefan Zahariev, adus din Imperiul Otoman. Artistul și-a pus semnătura pe toate icoanele bisericii, inclusiv pe cele două fresce aflate pe fațada bisericii și pe peretele frontal al altarului. Este uimitor faptul că picturile nu au fost niciodată restaurate, păstrandu-și și astăzi culorile originale. La exterior biserica este zugrăvită complet în alb, iar fațada este construită în stil oriental, cu trei arcade. Clopotniţa este separată de biserică, străjuind intrarea în curtea lăcaşului de cult, unde îşi dorm somnul de veci eroi din cele două Războaie Mondiale. Lângă biserică este amenajat muzeul unde sunt expuse obiecte de preţ pentru spiritualitatea locului cum ar fi obiecte de cult din anul 1848 (icoane, veștminte preoțești), dar și cărți vechi din 1845, inclusiv Evanghelia.
Frumusețea și unicitatea Bisericii Îngropate de la Istria au făcut ca acesta să fie inclusă pe data de 14 februarie 1967 pe lista monumentelor arhitectonice de mare importanță pentru țara noastră.